234国道、101国道、大广高速、京沈路、顺密路、密关路、密兴路等公路及京通铁路、京承铁路。北京市郊铁路S6线在密云设站。

2022年，密云区营运收入11.82亿元，比上年下降4.2%，其中客运收入3.84亿元，下降3.7%，货运收入7.98亿元，下降4.4%；客运线路54条，公共汽（电）车运营车辆613台。机动车保有量15.86万辆，比上年末增加0.95万辆，增长6.4%。
公路
作为北京市面积最大的区，密云拥有922条公路，密云区共有公路922条/2187.385公里，包括1条高速（即京承高速），9条国省干线，其余的均为农村公路。路网密度是98公里/百平方公里。
密云水库南线
密云水库南线（X024）是北京市一条县级公路，1959年建成通车，由密云水库指挥部负责修建，1981年改建为沥青混凝土路面。起点位于密云区溪翁庄镇（白河主坝下），与密关路相接，向东经荞麦峪、石马峪、九松山、碱厂等行政村，终点至密古路的黄各庄村南，全长23.87公里。
兴阳线
密云境内是将密兴路部分段落、原沙太路、密古路部分段落、原琉辛路进行整合，于2016年编入国家干线公路网，始称兴阳线。全长98.627公里，其中与京沈线、密兴路、松曹路、密关路、西火路等公路相接。
密关路
属市级公路，位于密云区西部，始建于1958年，后于1981年由原密溪公路改线翻修并与原密云水库西线接顺后，合并更名为密关路，连接密云城区和大关桥，其中新南路至沙河铁桥段又名滨河路。全长24.65公里。
朱大路
位于北京市密云区北庄镇，起点为兴阳线，终点大岭村承兴密联合县政府旧址，全长8.25公里。
铁路
密云铁路历史可以追溯到1937年，日本侵略者占领北平后开始修建通古铁路。自通州经顺义、怀柔，在密云城北设有一站。新中国成立后的1955年，开始修建京承线，1960年10月通车，全长256千米。这条铁路起自北京枢纽原东便门站（今北京站），基本沿袭通古铁路走向，经通州、顺义、怀柔到达密云。1972年，开始修建京通铁路，这条铁路由西直门到昌平、怀柔北，自西田各庄镇进入密云，经石城、不老屯等地直抵古北口。几十年间，密云就只有这两条铁路。
京沈高铁密云站地处北京市密云区河南寨镇宁村境内，距离密云县中心约1.8公里。车站平行于京承高速公路，位于其南侧，北距潮白河330米。密云站的站场规模为2台6线，站房建筑面积近6000平方米，设计最高聚集人数200人。
航空
北京密云穆家峪通用机场，位于密云区穆家峪镇前栗园村北200米，于2011年由北京华彬天星机场投资管理有限公司进行投资改建，因机场位置处于密云穆家峪镇，故取名为密云穆家峪通用机场，简称密云机场。密云机场占地1074亩，拥有1100平方公里合法空域，其主要设施由航站楼、塔台、机库、航空器展示中心、航油储备中心、航空器维修中心、航空器交付中心、密云航校以及800m*30m跑道构成，能够满足直升机及喷气机以下的小型固定翼飞机起降条件。密云机场目前主要承担新机试飞、交付、维护维修及密云航校飞行培训的功能。
公共交通
密云区自2016年起开始发展新能源公共交通，3年累计淘汰老旧柴油公交车799辆，全部置换为新能源公交车，其中纯电动公交车588辆，天然气公交车211辆，已覆盖山区和城区全部线路。2023年3月1日起，密云区旅游公交线路（91路）正式运营。